Middeleeuwen

Sinds het einde van de dertiende eeuw is de huidige locatie van het kasteel in de uiterwaarden van de Nederrijn bewoond geweest. De gebroeders Henric en Diederic Borre kregen in 1286 toestemming van de Hollandse graaf Floris V om “een Huys te doen timmeren”. In de loop der eeuwen werd dit Huys uitgebreid van verdedigbare woontoren tot een kasteel met torens. Het kasteel werd in die vroege jaren meerdere malen verwoest en weer herbouwd. In 1557 wordt het Huys verkocht aan Goert van Reede van Saesveld.

17de eeuw

In het midden van de 17e eeuw is Kasteel Amerongen in bezit van Godard Adriaan van Reede. Samen met zijn vrouw Margaretha Turnor verfraait hij het kasteel. In 1673 wordt het kasteel door de Franse troepen van Lodewijk XIV platgebrand. Snel werden er plannen ontwikkeld voor herbouw. Omdat haar man als diplomaat regelmatig in het buitenland verbleef, neemt Margaretha de leiding over de herbouw.
Op de oude fundamenten wordt een Hollands classicistisch Huys gebouwd.

18de eeuw

Begin 18e eeuw wordt het kasteel door Henriëtte Gravin van Nassau Zuylestein van binnen geheel naar de eisen van die tijd aangekleed. Een inventarislijst uit 1748 geeft een mooi beeld van een verfijnde en weelderige smaak. Er staat bijzonder fraai meubilair en de kasten zijn gevuld met porselein, zilver en damast.
Midden 18e eeuw wordt de inventaris verrijkt met prachtige muziek instrumenten en boeken. Wanneer in 1795 het Franse leger de Nederlanden binnenvalt vertrekt de Oranje gezinde familie van Reede samen met stadhouder Willem V naar Engeland.

19de eeuw

Het vertrek van de familie van Reede naar Engeland betekent voor Kasteel Amerongen een langdurige afwezigheid van eigenaren. Het beheer komt daarom in de eerste helft van de 19e eeuw in handen van de rentmeester.
Tegen het einde van de negentiende eeuw gaat het bezit van de familie Van Reede over naar de familie van Aldenburg Bentinck. Het kasteel wordt nu permanent bewoond. De familie Van Reede woonde er voorheen alleen in de zomermaanden. Architect Pierre Cuypers krijgt rond 1900 opdracht om een aantal kamers aan te passen en te verfraaien.

20ste eeuw

Na de eerste wereld oorlog verleent graaf van Aldenburg Bentinck onderdak aan de gevluchte Duitse Keizer Wilhelm II. Hij blijft anderhalf jaar op het Kasteel en ondertekent hier zijn troonafstand. In mei 1920 verhuist Wilhelm II naar het nabijgelegen Huis Doorn.
Graaf van Aldenburg Bentinck sterft in1940 en laat Kasteel Amerongen na aan zijn kinderen. Zijn erfgenamen bezitten Kasteel Amerongen tot 1976 als onverdeelde boedel en verkopen in 1977 het Huys als zodanig aan de Stichting Utrechtse Kastelen die het in1982 overdraagt aan de Stichting Kasteel Amerongen.